и такая проблема только при обращении к харду, то начинать разбирательства надо с подсистемы накопителей (контроллер – шлейф – хард). Посмотреть в SMART значения по ошибкам чтения/записи, ошибкам CRC. Загляните в процессы (желательно с помощью Process Explorer) и выясните, какая из задач во время тормозов отъедает процессорное время. Если явно никакой процесс не пожирает почти все системные ресурсы, а тормоза и подвисания все равно есть, то это может косвенно указывать на проблемы с HDD. Если при отключении харда ситуация сохраняется, то проблема может быть в самом контроллере (перегрев, нарушение паяных соединений чипсета, неподходящие драйверы).
Немаловажно и установленное ПО: разные антивирусы (а порой и вирусы), настроенные на проверку всего файлового потока, бывает, существенно замедляют работу системы при сколько-нибудь значительном сетевом трафике.
В общем, для точной диагностики источника проблемы нужно проводить вышеописанные эксперименты и разыскные мероприятия, дабы понять, в каких ситуациях глюк проявляется, а в каких нет.
